由於腸病毒型別很多，無法得過一次就終身免疫，而且目前並沒有疫苗(小兒麻痺疫苗除外)可以預防，又可經口、飛沫、接觸之途徑傳染，控制不易，所以勤於正確洗手，保持良好個人衛生習慣，減少被傳染的機會是預防的基本方法。

時時注意個人衛生，經常正確洗手。
注意環境衛生及通風。
流行期間儘量避免出入過度擁擠之公共場所、不要與疑似病患(家人或同學)接觸。
注意營養、均衡飲食、運動及充足睡眠，以增強個人的免疫力。
幼童(尤其三歲以下幼兒)有較高比率併發腦炎、類小兒麻痺症候群或肺水腫等嚴重症狀，因此幼童之照顧者應特別注意個人衛生，避免將病毒傳染幼童。
餵食母乳，以提高嬰兒抵抗力。