由於肠病毒型别很多，无法得过一次就终身免疫，而且目前并没有疫苗(小儿麻痹疫苗除外)可以预防，又可经口、飞沫、接触之途径传染，控制不易，所以勤於正确洗手，保持良好个人卫生习惯，减少被传染的机会是预防的基本方法。

时时注意个人卫生，经常正确洗手。
注意环境卫生及通风。
流行期间尽量避免出入过度拥挤之公共场所、不要与疑似病患(家人或同学)接触。
注意营养、均衡饮食、运动及充足睡眠，以增强个人的免疫力。
幼童(尤其三岁以下幼儿)有较高比率并发脑炎、类小儿麻痹症候群或肺水肿等严重症状，因此幼童之照顾者应特别注意个人卫生，避免将病毒传染幼童。
喂食母乳，以提高婴儿抵抗力。